O Instituto Virtual Internacional de Mudanças Globais (Ivig), da Coppe/UFRJ, foi o responsável pelo gerenciamento ambiental da atividade para que o material contaminado não entrasse em contato com o ambiente. Para isso, seis geotubes — grandes sacos retangulares feitos com um tecido sintético que permite somente a passagem da água — foram utilizados para confinar o sedimento. A água que sai dos geotubes é livre de contaminação. Cada geotube tem capacidade para reter até cinco mil metros cúbicos de sedimentos.
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A tecnologia adotada na Ilha da Pombeba é a mesma que vem sendo utilizada na dragagem do canal do Fundão. Durante e após o processo de dragagem e disposição do material dragado nos geotubes, foi realizado o monitoramento da água, dos líquidos percoláveis (líquidos que saem dos geotubes) e do solo na área de influência do empreendimento.
O empreendimento de dragagem e confinamento do material ocupa uma área de aproximadamente 12,5 mil metros quadrados. A Ilha da Pombeba é uma formação criada artificialmente através de sucessivas dragagens realizadas no passado, cujos sedimentos foram despejados no local ao longo do tempo. Com a conclusão das obras, técnicos do Ivig continuarão o processo de compensação ambiental, enriquecendo a ilha com o plantio de 2,5 mil mudas de espécies de restinga por um programa paisagístico de recuperação ambiental.