A Embraport destaca que a execução das obras tem sido continuamente respaldada por medidas de proteção ambiental tanto na área do empreendimento como no seu entorno. Estas medidas incluem cuidados com a flora, a fauna, água, o ar, entre outros, conforme condicionantes ambientais estabelecidos na Licença de Instalação pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis.
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Outro destaque da construção do terminal foi a montagem do canteiro industrial, local onde são fabricadas estacas e peças pré-moldadas. Para isso, foi instalada infraestrutura com 12 pórticos de 35 toneladas para produzir cerca de duas mil estacas e 7,5 mil peças pré-moldadas. As estacas têm, em média, 50 metros de comprimento e 45 toneladas de peso. Algumas peças pré-moldadas chegam a pesar 35 toneladas. As primeiras estacas de concreto foram cravadas em meados de setembro para dar sustentação ao futuro cais do terminal Embraport. Desde então, cerca de 150 estacas foram cravadas. A operação é executada por meio do cantitraveller, uma plataforma metálica sobre rodas .