O Tecon Santos reduziu o índice de CO2 emitido por contêiner movimentado. Em 2010, o índice apurado no terminal chegou a 13,3 quilos, 13,63% abaixo dos 15,4 quilos registrados em 2009. No ano passado, o total de emissões foi de 17.932 toneladas de CO2 equivalente para uma movimentação de 1,351 milhão de TEU. No ano anterior, as emissões haviam somado 15.927 de toneladas de CO2 equivalente para 1,032 milhão de TEU movimentados no terminal. Segundo a Santos Brasil, o uso de caminhões novos e a otimização das operações com guindastes de pátio são algumas das ações implementadas para alcançar o resultado.
O mapeamento das emissões de Gases de Efeito Estufa (GGE) da Santos Brasil começou em 2007 no Tecon Santos. Os inventários levam em consideração emissões diretas como o consumo de combustível e indiretas por consumo de energia e por outras fontes como o consumo de combustível em frotas de transporte de funcionários.