A seleção de projetos é realizada em duas etapas. Na primeira, a empresa, individualmente ou em conjunto com outras empresas, apresenta uma carta de manifestação de interesse para cada proposta. O documento pôde ser enviado até o último dia 21 de junho. As propostas selecionadas deveriam estar voltadas a pelo menos um dos quatro temas: sistema de navegação, posicionamento, fundeio e atracação; geração, distribuição e armazenamento de energia; automação, controle e software; e meio ambiente, segurança e salvatagem. Pelo menos 30% dos recursos devem ser aplicados nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste e nas regiões de abrangência da Sudene e da Sudam.
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A empresa que teve sua carta de manifestação de interesse selecionada na primeira etapa foi habilitada a participar da segunda fase, assumindo o papel de interveniente cofinanciadora. Ela deverá então definir o arranjo institucional, incluindo as IPCTs executoras e a instituição proponente. Cada empresa ou grupo de empresas poderá apresentar mais de uma carta de manifestação de interesse.