O texto aprovado pela Câmara define os beneficiários do programa, o que não existia na lei que criou o Profrota. O substitutivo diz que são beneficiários as pessoas físicas e jurídicas, inclusive cooperativas e associações, devidamente inscritas no registro geral da atividade pesqueira (RGP) nas categorias de armador de pesca, pescador profissional, indústria ou empresa de pesquisa, classificadas por porte, conforme critérios a serem definidos em regulamento.
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Ao regulamentar a lei, segundo o substitutivo aprovado, o governo terá que garantir tratamento diferenciado pelo porte do beneficiário, em especial para as cooperativas e associações de mini e pequeno porte. O substitutivo excluiu também da lei as metas e quantitativos por modalidade de financiamento.