O terminal de contêineres Tecon Imbituba (SC) e a Union Armazenagem (SC), ambos da Santos Brasil, receberam a recomendação ISO 9001:2008. Esta certificação adota ferramentas para garantir a qualidade de produtos e serviços. A Santos Brasil também possui esta certificação no Tecon de Santos. Já o sistema de gestão integrado do grupo conta com a certificação de meio ambiente ISO 14001:2004 e está em processo de certificação da OHSAS 18001:2007, de saúde ocupacional e segurança.
O sistema de gestão integrado da Mesquita, unidade logística da Santos Brasil, possui o SASSMAQ:2005 — Sistema de Avaliação de Segurança, Saúde, Meio Ambiente e Qualidade da Associação Brasileira de Indústrias Químicas (Abiquim). Esta unidade também está iniciando o processo de implantação da ISO 14001:2004.
O Tecon de Vila do Conde (Convicon), que recentemente obteve a certificação 9001:2008, também está iniciando o processo para a obtenção do ISO 14001:2004.
Segundo a assessoria de imprensa da Santos Brasil o grupo pretende estender a todas as suas unidades as certificações ISO e OHSAS até 2012.