Entretanto, o início das obras depende da liberação das licenças ambientais, expedidas pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama), e das licenças operacionais, que são concedidas pela Marinha e pela Agência Nacional dos Transportes Aquaviários (Antaq).
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A Marinha autorizou a realização de manobras especiais noturnas para entrada de navios de até 300 metros de comprimento, largura até 43 metros e calado máximo de 10,5 metros. Antes desta autorização especial, os dois terminais poderiam receber apenas navios de 286 metros de comprimento durante a noite.
Pela portaria 48/CPSC, de outubro de 2012, a Marinha já havia elevado os parâmetros para as manobras diurnas para os dois portos da Baía da Babitonga, possibilitando a entrada e saída de navios até 334 metros de comprimento, no caso do Porto Itapoá, e 310 metros, em São Francisco do Sul. No entanto, o documento ainda continha uma limitação para as manobras noturnas. Após a emissão deste novo ofício, os dois terminais, juntamente com a praticagem que atua na baía, poderão estudar por um período de 60 dias a entrada dessas embarcações maiores também à noite.